Сербский эмигрант Нико Беллик приезжает к своему кузену в Либерти-Сити в поисках новой жизни. Скоро Нико обнаруживает, что его кузен Роман Беллик, звавший героя в «Город Свободы», вовсе не богат, не обладает обширным гаражом, полным спорт-каров, вокруг него не вьются топ-модели, зато то и дело появляется местный рэкетир Влад Глебов.

Нико знакомится с окружением Романа: подругой Меллори, любителем травки Малышом Джейкобом, помешанным на идеальной, накачанной фигуре Брюси Кибуццом. Пока Нико помогает своему двоюродному брату, подвозя клиентов для маленького таксопарка в Брокере, Меллори представляет ему девушку по имени Мишель. Новая знакомая быстро входит в доверие к Беличу, и они начинают встречаться, причём на свиданиях она то и дело пытается выяснить, чем на самом деле занимается Нико. Тем временем, герой приходит в ярость, когда узнаёт, что Влад пристаёт к Меллори за спиной Романа. Не побоявшись русской мафии, Нико преследует Глебова и убивает в доках, сбрасывая труп в реку. Романом сразу же овладевает паранойя, и не зря: кузенов быстро находит русская мафия в лице Михаила Фаустина и Дмитрия Раскалова. Нико удается договорится с похитителями и он начинает на них работать. Однако спустя некоторое время, Дмитрий просит главного героя убить Михаила, который своей вспыльчивостью ставит их бизнес под угрозу.

После того, как Нико выполняет просьбу, на встрече, организованной Дмитрием, Нико выясняет, что Раскалов работает на Родислава Болгарина, человека, который был работодателем героя на родине и обвинил его в краже денег. Джейкоб, узнавший о встрече, помогает Беличу выбраться живым, хотя Раскалову и Болгарину удаётся бежать, после чего они поджигают квартиру Романа и его таксопарк. Герои переезжают в Бохан, где Меллори знакомит Нико с Элизабетой Торрес, местным наркодилером. Через Элизабету Белич выходит на Мэнни Эскуэлу и Патрика МакРири. Проведав Мэнни, протагонист знакомится с братом Патрика — Фрэнсисом, единственным полицейским в криминальной семье МакРири. Тем временем, Нико помогает Патрику на нескольких сделках по покупке наркотиков, чем заслуживает близкую дружбу. Пытаясь разрешить ссору между Джейкобом и Элизабетой, Белич доставляет партию наркотиков и сталкивается с Мишель, которая оказывается правительственным сотрудником. Позже Нико приходится выполнить несколько заданий человека из правительства, пожелавшего остаться безымянным. В качестве прикрытия он использовал газетное издательство (U.L.Paper). Нико знакомится со всей семейкой МакРири: сам он встречается с Кейт и работает на Джерри и Деррика. Вместе с Макрири Нико грабит Банк. Но потом Фрэнсис звонит Нико и просит убить собственного брата — Деррика. Он якобы последняя зацепка к посту комиссара полиции. Тем временем звонит Деррик и просит убить Фрэнсиса. Кто из них останется жить — зависит от выбора игрока.

Также Нико встречает Плейбоя Икс, влиятельного наркобарона, а также его старого друга Дуэйна Форджа, который недавно вышел из тюрьмы, где тот провёл 16 лет, теперь живет прошлым и в отдаленности напоминает Нико. В конечном счете каждый из них предлагает Нико убить другого. Выбор снова зависит от игрока.

С помощью правительства и Дона Гравелли Нико находит Дарко Бревича, подставившего его на войне, он может оставить ему жизнь, а может убить. Нико проводит глобальную аферу с бриллиантами. То забирая их из мусорного бака, то убив бывших сторонников, то вместе с байкером Джонни Клебитцем продает бриллианты еврейской мафии. В конечном итоге сделка сорвалась, а бриллианты сумел забрать Луис Лопес, подопечный Тони Принса, деньги — байкер Джонни, а Нико остаётся и без денег и без бриллиантов. Через Рэя герой работает на Филлипа Белла и на Дона Джеймса Пегорино. После того, как Нико несколько раз спас обоим жизнь, перед ним стоит трудный выбор. Пегорино и Филл Белл хотят пойти на сделку с Раскаловым. Но только услышав имя «Раскалов», Нико отказывается.Герой должен решить, стоит ли ему совершить месть над Дмитрием Раскаловым, в чём Нико поддерживает Кейт МакРири, или следует заключить с Раскаловым сделку, на что его уговаривает Роман.Если герой отправится мстить, то он встретится c Дмитрием на корабле «Platypus» (место, где начиналась игра). После продолжительной перестрелки Беллик убьёт Дмитрия и отправится на свадьбу Романа и Меллори. Кейт рада, что Нико совершил свой последний плохой поступок и теперь может начать жизнь заново и сопровождает его на свадьбе. После церемонии к церкви приезжает Джимми Пегорино и стреляет в гостей, пытаясь убить Нико, но смертельно ранит Кейт. Вместе с Джейкобом и Романом герой преследует Пегорино до старого казино, после чего погоня продолжается вдоль берега и, наконец, на вертолёте. Нико настигает Пегорино на Острове Счастья, где и убивает его. Вместе с кузеном Беллик решает, что им пора по-настоящему начать новую жизнь.
Через 2 месяца.
Хоть Нико и отказался от плохих преступлений,но все же Роман так и попадал свой жирной задницей в серьезные проблемы.Нико же спасал и помогал брату как мог.Так как роман женился у него есть красивая жена.Если Роман умрет,то жена останется не с чем.Нико же этого не допустит.Плейбой Икс и Нико Беллик все время куда то встревают.Был момент когда Плейбоя похитили и начали звонить Нико.тот же примчался,надавал всем по рже и спас Икса.В тот же день,Беллик узнал имя Плейбоя.Звали его Алекс Блейк.Так же всё чаще проводил время со своей братвой и друзьями.С Джейкобом ходил в стрип-бар или курил морихуану,хоть и не часто курил.С Романом гонялся на машинах или ездил в казино.Жизнь продолжалась.Но не давно по телевизорам объявили,что некий город Сан-Андреас строит дорогу или точнее мост к Либерти Сити.Вскоре,через 4 недели мост был готов и теперь эти два города соединяются вместе через мост.А от Сан-Андреас не далеко до других городов.После того как города соединились на улицах появились новые банды,новые машины и оружия.Все стало новым.Но под всем хорошим,есть что то плохое.Банды и кланы перебрались в Либерти Сити и начались новые разборки.У Нико и остальных появились проблемы.Хоть и у каждого свои дела.Например Нико стал встречаться с Кейт.Дела стали хуже да и узнав о Нико,мафиози и т.п.начали названивать Беллику.Чаще происходят перестрелки и т.п.От чего Нико ушел,к тому и пришел.